La storia di Arcigay a Varese parte nel 1987 con la nascita di uno dei primi circoli Arcigay in Italia: il circolo Arcigay “Ernesto” a Varese, il cui primo Presidente è stato Stefano Spadafora, scomparso nel 2022.
Nel 2000 il circolo affronta una profonda crisi e chiude per mancanza di risorse.
Nel 2015 sorgono a Varese diverse realtà a tutela dei diritti umani delle persone LGBTQIA+ raggruppate nel gruppo “Varese c’è” e nasce il gruppo universitario Insubria LGBT.
C’è grande fermento e nel corso di un solo anno si sviluppano molte iniziative a tema. A gennaio 2016, in tutta Italia, partono le piazze di “Svegliatialia”: è la mobilitazione per l’approvazione di una legge sulle unioni civili. I manifestanti a gran voce chiedono la formalizzazione delle unioni tra persone dello stesso sesso.
A gennaio 2016 il gruppo “Insubria LGBT” decide di intraprendere un percorso per diventare Comitato Territoriale Arcigay e annuncia il primo Pride nella storia di Varese: parte il Varese Pride, organizzato da Insubria LGBT in rete con alcune associazioni appartenenti al Coordinamento Varese Pride e con la fondamentale collaborazione dei locali lgbt di Varese.
L’attuale associazione Arcigay Varese nasce nel 2016 per iniziativa di un gruppo di persone desiderose di riportare nella provincia un punto di riferimento per i diritti umani delle persone LGBTQIA+. A Giubiano nasce l’attuale associazione fondata da Giovanni Boschini (che ne diviene Presidente), da Stefano Spadafora (primo presidente Arcigay a Varese) e da molte altre persone impegnate nella tutela dei diritti umani.
A giugno 2016 le unioni civili diventano legge. Dopo molti mesi di dibattito ha luogo la prima edizione del Varese Pride, con migliaia di persone per la prima volta nel centro di Varese per i diritti LGBTQIA+. È il terzo pride regionale dopo Pavia e Milano.
A settembre 2018 Arcigay Varese acquisisce la competenza territoriale ufficiale sulle province di Varese e Como, in precedenza appartenente al comitato di Milano.
A novembre 2019, nasce Arcigay a Como e in seguito l’associazione diventa competente solo per la provincia di Varese.
La pandemia da COVID-19 spezza la vita associativa: nel 2020 le attività traslocano solo online. Si tiene la Varese Pride Digital Week. Arcigay Varese fa parte dell’organizzazione del Global Pride 2020, un grande evento mondiale online nato con la pandemia.
A maggio 2022 viene inaugurato “Centro Arcobaleno” – centro antidiscriminazione per orientamento sessuale e identità di genere – frutto di un progetto vinto dall’associazione e finanziato da UNAR-Presidenza del Consiglio dei Ministri.
A luglio 2022 scompare Stefano Spadafora, primo presidente di Arcigay Varese, che decide di lasciare in eredità i fondi per potenziare i servizi del Centro Arcobaleno.